كوردي يسو يعود تاريخ هذه الكنيسة إلي عام 1874 عندما تم تنفيذ خطة حضرية جادة في القاهرة لأول مرة. استلم القديس دانيال كومبوني الأرض من الخديوي إسماعيل والتي شيد عليها مركزاً لتربية الشباب السوداني. في هذا الوقت كان شارع رمسيس الحالي قناه كبيرة يمر بها طريق يستخدم بشكل رئيسي للقوافل الذاهبة والقادمة من ميناء بولاق. بني القديس دانيال كومبوني في البداية معهدين للمبشرين، وبعد ذلك، في 27 ديسمبر 1880 بارك وضع أول حجر للكوردي يسو. الذي أصبح أول مكان مقدس في أفريقيا مكرس لقلب يسوع. تم الإنتهاء من العمل في 1884. وفي عام 1927 تم هدم الكنيسة لتوسعتها و تزينها برخام ثمين من إيطإليا. وقد تم الإنتهاء من أعمال التجديد في 1930. تم تزيين سطح القباب، الذي يبلغ 85 متر مربع في عام 1960 علي يد تريفيزونو أميديو (Trivisonno Amedeo) الفنان الفلورنسي المشهور.